在厚達將近400頁的《周聯華回憶錄》中，周牧師記錄自己從童年到求學及至之後數十年的事奉經歷。其中一個篇章被他命題為〈我的磨難〉內含兩個部分，其一是〈我與長老會〉。事實上書裡其他部分不難看見周牧師一路走來克服過不少困難，因此還能被他定義為磨難，想必在他心中留下難以抹滅的痕跡。「我在台灣三十年的時光一直活在黑名單的陰影底下，多少與長老會有關，我不能不回憶。」
對周牧師來說，他沒有主張過台獨、也不是國民黨員，沒有任何政黨色彩，所以長老會的教友和他一樣同是上帝的兒女，都是耶穌基督的寶血買來的，是一家人。但因為他到台灣後便與不少長老會朋友親密互動，共同切磋教會事工，在當時戒嚴氛圍下很容易被「標記」起來，因為長老會屬於「普世教會協進會」（W. C. C.）的一分子，當時有人認為普世教協中也包含共產國家成員，所以長老會也是親共的。
偏偏當時1964年適逢長老會在臺一百週年紀念，長老會以外的教會組織了「基督教在臺宣教百週年紀念大會」慶祝籌備會，並推舉周聯華牧師為主席。活動之後他與普世教協中的十六個基督教會團體受到監控，台灣省警務處甚至成立「七二0專案」列出周聯華牧師罪狀，使他成了情治單位的黑名單之一。
在曾慶豹老師撰寫的《約瑟和他的兄弟們》一書中提及，從1964年當時「普世教會協進會」專案卷宗「省警務處至警備總部文」紀錄中，便可看出周聯華牧師早已被警備總部盯上，例如裡面記載著：「至於周聯華其人，本處有其涉嫌資料……經常以代表身分申請出境，赴國外各地參加普世教會協進會各種會議者，處列為核心分子偵監，並開始檢查其郵電。」除此之外情治單位還調查了周聯華牧師過去大學參加過的活動，透過當時演出劇本的左派思想傾向來推斷他與共匪有所關連，顯見當時的周牧師受到不小壓迫。
而〈我的磨難〉另一個篇章〈永續的候選人〉中，也可看見上述事件的漣漪效應。當時浸信會神學院柯理培院長即將退休，原本董事會已通過由周聯華牧師接任院長，可是卻受到某些教友以非常多理由串連反對，《周聯華回憶錄》記載其中一項是：「某些有黨籍背景的基督徒，尤其許多退伍軍官身分的傳道人不放心我的政治立場」這是他非常不能苟同的。
此外周牧師素來對其他教會採取合作的態度，包含長老教會及天主教會，這一點竟也成為教會人士「倒周」的原因之一。有傳教士和牧師要周牧師不要跟天主教跟長老會一起，最終被周牧師拒絕了，他說：「天主教和長老會的教友是我的弟兄姊妹，我不能為了要做神學院院長而限制我的交友。如果要我作一個很快的決定，我選擇朋友。」
這就是我們認識的周聯華牧師！他愛神愛人，不願看見神家中的家人分裂；他愛國，但當時國家與情治人員卻看他為叛國，因為在某些政治人物的心中，不是朋友就是仇敵，這些都是令周牧師感到非常苦悶的經歷。然而周聯華牧師於2016年8月6日參加完聚會駕車下山，行經仰德大道國安局附近時，突然心臟不適陷入昏迷，最後送至振興醫院搶救後逝世。這位曾經名列1988年國安局公布「黑名單」中的人物，在人生最後一段路竟停留在國安局旁，不曉得這巧合是否有上帝的美意？